Quando se fala em RPG "ocidental", BioWare e Obsidian são algumas das produtoras mais competentes nesse nicho - ambas já fizeram episódios do consagrado "Star Wars: Knights of the Old Republic". Com "Alpha Protocol" parece que a Obsidian está seguindo novamente os passos da Bioware, pois traz uma fórmula similar a de seu "Mass Effect", com a diferença que a temática não é de opera espacial, mas de um agente secreto moderno.
Neste game, o jogador controla Michael Thorton, um agente inspirado em personagens como James Bond, Jack Bauer (do seriado "24 Horas") e Jason Bourne (da trilogia que começa com "A Identidade Bourne"). Competente, porém inexperiente em campo de ação, Thorton se encontra em apuros após uma missão de sua agência ter falhado. Descartado pelo governo, por ironia, Thorton é o único com a informação necessária para impedir uma catástrofe de proporções internacionais.
O game oferece um sistema de diálogos similar aos de "Mass Effect", ou seja, com várias possibilidades de respostas e condução da conversa. A novidade aqui é que é possível falar com as pessoas apenas uma vez, o que obriga o jogador a prestar atenção nos diálogos. Antes de engatar a conversa, o usuário pode escolher o tom do diálogo, e isso muda o seu conteúdo e as informações que podem ser acessadas.
Segundo a produtora, o jogador pode determinar o jeito de cumprir os diversos objetivos, e as decisões tomadas e ações realizadas moldam o tipo de agente que Thorton será. Além disso, o personagem possui dez habilidades, cada um deles com dez níveis de proficiência. E, como um bom filme de agente secreto, belas mulheres aparecem no decorrer da aventura. Por fim, os combates são como um jogo de tiro em terceira pessoa.